Juan Nepomuceno de Atures fue fundado en el sitio llamado El Raudal. En tiempos de la Expedición Solano, tenía la Misión 520 indios. En 1800, solo 47. Piaroas, Macos, Cuacas, Maipures, Abanes, Parenes, Guaipuinabes y Yavaranas. Gumilla (1963:298) anota que el idioma de los maipures contenía muchas palabras prestadas de los Achaguas como resultado de sus relaciones comerciales. Lo que quiere decir que estos grupos indígenas mantenían intercambios comerciales con comunidades de los llanos, probablemente para abastecerse.
El segundo Puerto Ayacucho fue el pueblo de pescadores llamado Perico (como pueblo de pescadores se originó con un fin comercial), localizado en la parte baja de la ciudad actual a la orilla del Orinoco y que vemos reflejado en las descripciones hechas por el P. Bierold y el P. Buró cuando llegaron los primeros salesianos. El Sr. Plácido Barrios, en la publicación del periódico El Autana, del día 9 de Diciembre de 1980, afirma:
Pedro Rodríguez, caletero, pescador, cuidador de bongos y curiaras o piraguas cómo se llamaban entonces, que les dejaban algunos de los que iban a pie hasta el poblado indígena, de humilde casita en 1919 con techo de palma de moriche, piso de tierra y paredes de bahareque en el lugar conocido para entonces como Caramacatal, por cantidad de árboles de Caramacate que había donde hoy es el sector del puerto conocido como Barrio Aguao, en la inmediaciones de la alcabala de la Guardia Nacional adscrita a la Aduana local, nunca pudo vislumbrar que estaba fundando un pueblo que más tarde se llamaría Puerto Ayacucho.
De esta forma Plácido Barrios presenta a este señor, comerciante del transporte, como auténtico fundador de este Puerto Ayacucho en su segunda fase. Según el Sr. Anilo Paminare en 1931, cuando llegó a Amazonas, en lo que se llamaba el antiguo Perico, solo había unas 12 casas de palma y solo la de Maniglia era de zinc.
En este segundo Puerto Ayacucho el elemento indígena no está presente. Está formado por personas provenientes de otras localidades o estados vecinos, excaucheros o sarrapieros que quedaron trabajando independientemente.
El tercer Puerto Ayacucho es la ciudad que funda oficialmente el Ingeniero Santiago Aguerrevere, lo que consideramos la capital actual. Esta ciudad fue creciendo a pasos muy lentos hasta la década de los 60, a partir de los 70, se produce una auténtica explosión o crecimiento, fruto sobre todo al comienzo, de la migración interna del mismo Territorio, y posteriormente de la inmigración de gente procedente de otros estados limítrofes.
Según esto, Puerto Ayacucho surge como ciudad comercial desde el principio, pues los que la habitaron, lo hicieron en interés de recibir un pago, al ejercer como trabajadores para la elaboración de la carretera. Si tomamos en cuenta lo dicho en el artículo 75 del Código de Comercio, en el que se tacha como actividad comercial de una empresa los actos ejecutados por compañías de construcción y trabajos públicos y privados esta afirmación se convierte en certeza. Dice Plácido Barrios: Juan Vicente Gómez ordenó efectuar los estudios para la construcción de una carretera que salvara los Raudales, desde San Borja hasta el Muerto. Desde Carichata, lugar de una antigua misión religiosa, hasta una lugar arriba del raudal de “El Muerto” debía construirse esa carretera. Pero razones presupuestarias determinaron se hiciese desde el entonces “Perico” hasta Morganito, llegándose sólo hasta Samariapo.
El ingeniero Santiago Aguerrevere, fue el escogido por el General Gómez, para dirigir los trabajos de construcción de esa vía. La compañía constructora del Dr. Santiago Aguerrevere, obtuvo la buena pro y por eso vino a construir la primera carretera en el T. F. Amazonas. (El Autana, 9 diciembre de 1981).
Plácido Barrios hace referencia después y le da relevancia a ese grupo de personas humildes y trabajadoras que juntamente con Aguerrevere son los artífices de esta nueva fase de la ciudad:
Pedro Rodríguez y su mujer Mariana, Marcelino Hernández y su familia, el margariteño Manuel Antonio Pacheco y el cumanés Arturo Cova, carreteros transportistas, situados en ambas márgenes del Cataniapo. Los navegantes transportistas, dueños de piraguas: <
El primer barrio de Puerto Ayacucho, se fundó en Perico, porque allí atracaban todos los barcos que en operación de cabotaje venían con su cargamento de hombres y de víveres para contribuir con la construcción de la carretera. Destaca Placido Barrios:
Los comerciantes de entonces, don Juan Maniglia y la Sra. María de Maniglia, don Jesús María Cardozo, don José María Baldayo, el viejo, José Moanach, don Jesús Rodríguez, entre otros contribuyeron con su esfuerzo, constancia y trabajo a darle perfil de pueblo y después de ciudad a Puerto Ayacucho.